По данным пресс-службы, допускается много нарушений при обустройстве и эксплуатации скотомогильников. Зачастую скотомогильники не стоят на балансе ни у властей, ни у предприятий и являются бесхозяйным имуществом. При этом органы местного самоуправления не обеспечивают надлежащего содержания захоронений животных с целью предупреждения чрезвычайных ситуаций, не ставят их на учет и не принимают в муниципальную собственность, хотя решение суда на этот счет есть. Практически ни один из зарегистрированных скотомогильников не соответствует в полной мере ветеринарно-санитарным правилам. Как отмечают в прокуратуре, подавляющее их большинство не имеет землеотводных документов, они не огорожены, не обнесены по периметру валом и траншеей, их стены и пол не выложены водонепроницаемым материалом, не обустроены перекрытия, отсутствуют указатели и т.д. Ряды "сибиреязвенных" захоронений, производившихся до 1937 года, не обозначены указателями, не имеют ограждений, несмотря на то, что споры сибирской язвы сохраняют жизнеспособность более 100 лет. Установлен факт выемки металла из сибиреязвенного скотомогильника. Нарушения ветеринарно-санитарных правил выявлены также на предприятиях и в организациях, деятельность которых связана с обращением биологических отходов. При этом органы ветеринарного надзора, по мнению прокуратуры, работают недостаточно активно.