В мае 1997-го г-н Голушко стал первым замом Леонида Полежаева по вопросам экономических реформ и межрегиональных экономических связей. Бывший директор строительной компании и депутат ЗС уже тогда хорошо был известен СМИ благодаря своему финансовому благополучию (за которым некоторые видели не совсем законные приемы) и репутации человека, умеющего налаживать отношения.
Кстати, на вопрос прессы о взаимоотношениях Андрея Ивановича с коллегами он скажет: "С мэром Рощупкиным отношения нормальные и рабочие, с Валентином Третьяковым - отличные. Соснина очень уважаю, а Шойхета считаю человеком конфликтным, но чрезвычайно энергичным".
В период с 1999 по 2000 годы Голушко активно критикует Валерия Рощупкина. "Победив" опального мэра, Голушко подписал приговор и себе: после ухода Рощупкина, по утверждению журналистов, размолвки между губернатором и его замом возникали все чаще. Предполагали, что Голушко и замом назначили только для того, чтобы сместить Рощупкина. По слухам, именно вице-губернатор вел переговоры с мэром и обговаривал все детали, вплоть до бытовых условий.
В 2000 году в прессе активно писали о борьбе двух вице-губернаторов - Голушко и Третьякова. С этим противоборством, возможно, связан указ губернатора Полежаева, устанавливающий возрастной порог для областных госслужащих до 60 лет, а Третьякову уже 62.
Осенью 2000 года Андрей Голушко занимает второе после Романа Абрамовича место в рейтинге самых влиятельных омских предпринимателей газеты "Коммерческие вести".
В 2001 году г-н Голушко назначен председателем межведомственной комиссии по зарплате, но уже в начале декабря смещен с этого поста: комиссию возглавил Полежаев. В апреле 2002 года Голушко подает в отставку. Уже больше года время от времени возникали слухи о переходе чиновника в "Омскэнерго", об его отъезде на Чукотку, не исключался рывок вверх - в Правительство или Администрацию Президента России.
Но после отставки с должности вице-губернатора Голушко нигде особо не светился: "Писал диссертацию, худел, родил сына, занимался бизнесом за пределами Омской области". Журналисты же считали, что его деятельная натура вновь потребует публичности: "Голушко никогда не следует сбрасывать со счетов: он обладает солидными финансовыми возможностями, хорошими отношениями с менеджментом "Сибнефти" и крепкими связями в силовом блоке". В марте 2005 года в числе возможных претендентов на пост мэра всерьез рассматривалась его кандидатура.
В 2006-2007-м г-н Голушко вновь попадает в поле зрения прессы - в основном благодаря открытию "Бауцентров".