ТГК-11 обжаловала в апелляционной инстанции решение арбитражного суда Москвы, который 4 июля 2008 г. удовлетворил иск компании ООО "Нефть-Актив" и признал недействительным решение собрания акционеров "Томскэнерго" от 24 августа 2007 г. о присоединении компании к ТГК-11.
"Нефть-Актив", в 2007 г. купившая пакет "Томскэнерго" в интересах НК "Роснефть" на аукционе по продаже активов обанкротившегося ЮКОСа, предъявила иск ТГК-11 с требованием признать недействительными решения внеочередного общего собрания акционеров "Томскэнерго", на котором было одобрено присоединение к ТГК-11. Истец заявляет, что не был уведомлен о проведении собрания и поэтому не принял участия в голосовании. "Нефть-Актив" также требует признать недействительными договор о присоединении "Томскэнерго" и ОАО "Омская электрогенерирующая компания" к ТГК-11 в части присоединения "Томскэнерго", передаточный акт и решение инспекции ФНС по Центральному району г. Новосибирска о внесении в ЕГРЮЛ записи о прекращении деятельности "Томскэнерго". В результате удовлетворения иска "Томскэнерго" должно быть восстановлено в ЕГРЮЛ, а дополнительные выпуски акций ТГК-11, размещенные путем конвертации в них обыкновенных и привилегированных акций "Томскэнерго", признаны недействительными, акции изъяты из обращения. Кроме того, согласно иску, "Томскэнерго" должно быть возвращено имущество, переданное ТГК-11 в соответствии с передаточным актом.
Формирование ТГК-11 через присоединение активов "Томскэнерго" и ОЭГК длительное время блокировалось НК "ЮКОС", одним из акционеров "Томскэнерго". После приобретения пакета "Томскэнерго" у ЮКОСа компанией "Нефть-Актив" объединение стало возможным. 28 августа 2007 г. акционеры "Томскэнерго" проголосовали за присоединение к ТГК-11 и утвердили все необходимые документы.