В 16-17 веках Турция захватила южную Грузию и Аджарию. Возникла реальная угроза полного порабощения, и взоры грузин обратились к мощному северному соседу.
Прерванные монголо-татарским нашествием грузино-русские отношения возобновились в 15 веке, а 16-18 вв. вновь стали самыми тесными. Грузинские правители не раз обращались к русскому правительству с просьбой о военной помощи против Турции и Ирана. В конце 17 века в Москве была создана Грузинская колония, которая сыграла значительную роль в упрочении русско-грузинских отношений. После персидского похода Петра I в 1722 году, царь Вахтанг VI и многие политические и культурные грузинские деятели нашли убежище в России.
Укрепление грузино-российских отношений способствовало тому, что в 1783 году был подписан Георгиевский договор-трактат между Россией и Картлийско-Кахетинским царством. Таким образом устанавливался протекторат России над Восточной Грузией. Подписание трактата осложнило отношения Грузии с Турцией и Ираном. Иранский шах Али Мохаммед-хан вторгся в Грузию и в 1795 году разорил Тбилиси. Создалась критическая ситуация, и в 1801 году Восточная Грузия присоединилась к России. В течение 19 века в ходе русско-иранских войн 1804-13 и 1826-28 гг., а также в ходе русско-турецких войн 1806-12 и 1828-29 гг. была возвращена большая часть отторгнутых территорий. Хотя Россия фактически спасла Грузию, но хорошее забывается быстро. После революции 1917 года к власти в Грузии пришли меньшевики во главе с Жордания и 16 мая 1918 года объявили Грузию независимой республикой, уступив часть территории Турции. Однако уступка не помогла, и Грузия была оккупирована турками и немцами, а в 1920 году их сменили англичане. 25 февраля 1921 года части Красной Армии вместе с восставшими рабочими вступили в Тбилиси и свергли меньшевистское правительство.
16 марта 1921 года между Турцией и РСФСР был заключен договор, по которому Турция отказывалась от Батуми и северной части Аджарии и признавала их неотъемлемой частью Грузии. С 12 марта 1922 г. по 5 декабря 1936 г. Грузия была в составе Закавказской Советской Федеративной Социалистической Республики, которая в свою очередь с 30 декабря 1922 года входила в состав СССР. Декретами ВЦИК в состав Грузии были включены в качестве территориально-административных единиц Южная Осетия и Абхазия.
Амбициозный политический режим в Грузии в 1918-1921 гг. разработал план, по которому надлежало «окончательно решить» осетинский вопрос в Грузии. Для реализации этого плана предпринимались следующие практические меры: игнорируя протесты руководства РСФСР, руководство Грузии, даже после сожжения Южной Осетии национальной гвардией под командованием Валико Джугели в 1920 г., продолжало принимать репрессивные меры против оставшихся в Южной Осетии осетин, среди которых были в основном больные, старики, дети, не имевшие возможности или не желавшие покидать свои родные очаги. Видный грузинский историк, академик Г.В. Хачапуридзе, исследовавший этот вопрос, писал: «Грузинское буржуазно-националистическое меньшевистское правительство постановило (в 1920 г. – ред.) оставшееся в Юго-Осетии население выселить в Караязскую степь, совершенно не подходящую по климатическим условиям для горных жителей». К этому следует добавить, что план выселения осетин из Южной Осетии меньшевики Грузии разработали еще во второй половине 1918 г. Уже тогда молодое независимое грузинское государство стало активно проводить политику выселения осетин, русских, азербайджанцев из Лагодехского, Телавского, Караязского, Борчалинского, Горийского и других уездов. План выселения неугодных грузинскому правительству народов разработало министерство земледелия Грузии. Министр земледелия Хомерики по этому поводу говорил «Начиная с Мехадира, республика кольцом окружена или народом чужого племени, или такими, которые по своему духу не являются грузинами. Не один и не два фронта появились именно потому, что у наших границ стояли ненадежные народы. И вот переселенческая политика дает нам возможность хоть немного выпрямить это положение и поставить стражу на границе государства...» Политики, влиятельные государственные чиновники, значительная часть интеллектуалов «демократической» Грузии, фактически исповедовавшие шовинизм и расизм, постоянно вели политику дискриминации не только в отношении Южной Осетии и осетин, но и в отношении других негрузинских народов.
Естественно, что Южная Осетия долгое время вынашивала мысль о выходе из Грузинской ССР и об объединении с Северной Осетией в рамках РСФСР и во время перестройки начала открыто требовать этого. В ответ грузинский президент Звиад Гамсахурдиа отменил автономию Южной Осетии в декабре 1990 года. Когда Южная Осетия не согласилась с этим решением и начала инициировать шаги по объединению с Северной Осетией, последовало вторжение грузинских войск, что привело к боевым действиям, в результате которых было убито более 2000 человек и тысячи людей пострадали.
Аналогично в Абхазии причиной конфликта явились, прежде всего, противоречия в отношении статуса Абхазии в рамках Грузии. Абхазия была автономной республикой в составе Грузинской ССР, но, когда Грузия добилась независимости и к власти пришел радикальный националистический режим Звиада Гамсахурдиа, Абхазия начала жаловаться на то, что Тбилиси посягает на ее автономию. Абхазы ссылались на Конституцию 1925 года, которая, как они утверждали, давала им с Грузией равные права, и таким образом требовали равного с Грузией статуса в рамках свободной конфедерации. Грузинская сторона отвергла эти требования, опасаясь, что они будут лишь первой ступенью к независимости Абхазии, и в августе 1992 года грузинские войска и военизированные формирования вошли в Абхазию. Абхазские бойцы при содействии национальных движений Северного Кавказа и молчаливой поддержке России оказали им ожесточенное сопротивление.