Начиная с 2006 года прокуратура обращала внимание органов государственной власти на необходимость создания природоохранных учреждений для обеспечения функционирования природных парков, в том числе «Птичья гавань», а также внесения изменений в противоречащие федеральному законодательству нормативно–правовые акты в области организации, охраны и использования особо охраняемых природных территорий регионального значения. Несмотря на это, органом исполнительной власти региона, уполномоченным на охрану окружающей среды, не принималось мер по организации содержания и охраны особо охраняемых природных территорий регионального значения.
В 2007 году прокуратура провела повторную проверку, в ходе которой выявила многочисленные нарушения законодательства при содержании и охране находящихся на территории Омска памятников природы: «Омский городской дендрологический сад», «Ива белая», «Яблоня сибирская», «Озеро «Соленое» и природного парка «Птичья гавань».
Вопреки требованиям закона паспорта на данные памятники природы министерством промышленной политики, транспорта и связи Омской области не оформлены. Границы природного парка «Птичья гавань» не обозначены на местности, заповедная зона и зона познавательного туризма и экскурсий не выделены, на территорию заезжает частный автотранспорт.
Для устранения нарушений действующего законодательства и привлечения виновных к ответственности прокурор Омской области внес представление губернатору, по результатам его рассмотрения было создано бюджетное учреждение «Природный парк «Птичья гавань», о чем сообщалось ранее.