В 2004 году Борис Кошуков при строительстве мостовых переходов в Омске, используя фиктивные первичные бухгалтерские документы, уклонился от уплаты налога на добавленную стоимость в бюджет государства в сумме свыше 20,4 млн. рублей. Кошуков виновным себя не признал, пояснив, что, подписывая составленные бухгалтерией налоговые декларации, не проверял достоверность внесенных в них сведений.
Уголовное дело расследовалось в отделе по расследованию налоговых преступлений СЧ по РОПД СУ при УВД по Омской области. Суд учел пенсионный возраст Бориса Кошукова, наличие у него государственных и правительственных наград, благодарственных писем и почетных грамот за заслуги в области транспортного строительства, почетного звания Заслуженного строителя Российской Федерации, звания «Почетного гражданина города Омска». Кошукова наказали штрафом в размере 300 тыс. руб.