Одной из самых серьезных проблем была названа перегруженность детских учреждений. В. Омске работает 179 муниципальных детских комбинатов, которые посещают 36254 человек, что на 2809 детей больше, чем в 2008 году. К сожалению, открытие большинства новых групп проведено с нарушением санитарных требований, практически все учреждения имеют превышение количества детей на 25-40%, а в Кировском округе - на 50%. На детей не хватает столов и стульев, мебель стоит так плотно, что не позволяет проводить качественную уборку и проветривание помещений и создает потенциальную угрозу здоровью детей.
В настоящее время не имеют санитарно-эпидемиологических заключений на образовательную деятельность на фактическое количество функционирующих групп 65 детских учреждений. Причиной этого является отсутствие ростовой детской мебели, несоответствие гигиеническим требованиям пищеблоков, игровых и физкультурных площадок, требуется ремонт инженерных коммуникаций.
За 9 месяцев 2009 года зарегистрировано 14 вспышек инфекционных заболеваний в детских комбинатах, в которых пострадало 99 детей. Все вспышки имели контактно-бытовой путь передачи инфекции.