Органами следствия Ширшов обвиняется в применении насилия в отношении представителя власти, клевете в отношении судьи, присяжного заседателя, прокурора, следователя, лица, производящего дознание, судебного пристава, судебного исполнителя.
По данным следствия, 27 февраля 2008 года Владимир Ширшов, находясь за рулем автомобиля, при въезде в торговый комплекс ООО “Панорама-Центр” в ответ на законные требования инспектора дорожно-патрульной службы предъявить для проверки документы, совершил на последнего наезд. Кроме того, 25 июня 2009 года в журнале «Бизнес-Курс» было опубликовано открытое письмо Ширшова, в котором, по данным пресс-службы следственного комитета, содержалась ложная информация о вымогательстве у него руководителем следственного отдела по Октябрьскому административному округу Омска следственного управления Следственного комитета при прокуратуре Козловым И.В. взятки за прекращение уголовного дела.
Производство предварительного следствия неоднократно приостанавливалось в связи с заболеванием обвиняемого. 28 декабря 2009 года производство по уголовному делу было возобновлено, однако Ширшов скрылся от органов следствия, в связи с чем был объявлен в розыск. Судом по результатам рассмотрения ходатайства следствия в отношении Ширшова был избрана мера пресечения в виде домашнего ареста. Обвиняемому, согласно решению суда, запрещено менять место проживания, а также покидать место жительства с 21 часа до 07 часов без разрешения следователя.