Организация занимается обуструйством государственной границы. Структура учреждения включает воздушный, два железнодорожных и шесть автомобильных пунктов пропуска. Зона ответственности Омского филиала охватывает часть российско-казахстанской границы, протяженностью более тысячи километров.
На филиал возложена организация размещения государственного заказа на выполнение работ по строительству сооружений и коммуникаций, необходимых для организации пограничного и таможенного контроля в пунктах пропуска через госграницу. Автомобильные пункты, ранее находившиеся на балансе Федеральной таможенной службы России, переданы в оперативное управление ФГУ Росгранстрой.
В 2010 г. на баланс Росгранстроя будут приняты железнодорожные, воздушные пункты пропуска. Всего в стране - 24 филиала Росграницы.