С января 2005 года по март 2009 года Матущенко, являясь директором данного НИИ, организовал предпринимательскую деятельность по оказанию в институте платных медицинских услуг в виде клинических лабораторно-диагностических исследований крови человека.
О том, что данный вид деятельности подлежит обязательному лицензированию, Матущенко знал, но действий для получения лицензии не предпринял. В результате за 4 года доход от незаконного предпринимательства составил более 6,6 млн. руб. Его приговорили к штрафу в 100 тыс. руб.