В ноябре 2006 года Шишкин, превысив должностные полномочия, выдал постороннему человеку доверенность на представление интересов территориального управления Росимущества при рассмотрении гражданского дела арбитражным судом Омской области. В результате 13 федеральных объектов недвижимости, расположенные в г. Омске, перешли в собственность коммерческой организации, а Российской Федерации причинен ущерб свыше 64,5 млн. рублей. В мае 2007 года Шишкин без согласия федеральных органов издал распоряжение и подписал иные правовые документы, в соответствии с которыми ряд земельных участков общей площадью около 27 га, находившихся в государственной собственности, были переданы коммерческим фирмам. В результате России причинен ущерб.
Суд признал Шишкина виновным и приговорил его к 2 годам лишения свободы в колонии-поселении. Он обжаловал его, но облсуд оставил приговор без изменения, сообщила сегодня прокуратура.