По поручению генпрокуратуры России московская транспортная прокуратура провела проверки по фактам задержек в августе и октябре прошлого года авиарейсов нескольких российских авиакомпаний. Транспортная прокуратура установила, что 26 августа 2008 года произошла задержка рейса №131 «Москва (Домодедово) – Омск», из-за которой 54 пассажира ожидали отправления рейса 24 часа. Как установила прокуратура, задержка произошла из-за того, что «Омскавиа» не оплатила заправку самолета и услуг наземных служб. Суд посчитал, что этими действиями авиакомпания нарушила права пассажиров, поэтому «Омскавиа» должно быть привлечено к административной в виде штрафа.
Кроме омской компании, арбитражными судами к административной ответственности привлечены ООО «Авиакомпания «Интеравиа», ОАО «Авиакомпания «Домодедовские авиалинии», ОАО Авиакомпания «Красноярские авиалинии» и ОАО «Авиакомпания «Самара».
В начале января Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация) аннулировало сертификат эксплуатанта у «Омскавиа», входившего в обанкротившийся альянс "ЭйрЮнион". В начале октября 2008 года «Росавиация» приостановила деятельность «Омскавиа», дав ей три месяца на погашение задолженности перед партнерами и кредиторами. По истечении этого срока компания могла подать документы на возобновление сертификатов эксплуатанта.