Следственный отдел по расследованию особо важных дел следственного управления СКП предъявил Вячеславу Шишкину два обвинения в превышении должностных полномочий. Следствие обратилось в Центральный районный суд с ходатайством об отстранении Шишкина от должности на период расследования уголовного дела, которое было удовлетворено.
Следствие установило, что чиновник превысил свои полномочия при прекращении права
постоянного пользования земельными участками ФГУП ПО «Полет»,а также при распоряжении объектами недвижимости, находящихся в федеральной собственности и закрепленных на праве хозяйственного ведения за ФГУП «Профилактика». В результате действий Шишкина земельные участки и объекты недвижимости незаконно выбыли из собственности Российской Федерации и перешли в собственность коммерческих организаций.