Следствие обвиняет Михеева в присвоении, незаконном предпринимательстве и злоупотреблении полномочиями. По данным следствия, Михеев, являясь руководителем ООО «Сибстрой», в 2007-2008 гг. привлек в качестве инвестиций 27,9 млн. руб. 70 дольщиков для строительства многоквартирного жилого дома, расположенного в Кировском округе. Но деньги были израсходованы не на строительство, а похищены, что привело к невозможности сдачи дома в эксплуатацию. Кроме того, он представил в омский филиал ФГУ «Федеральный лицензионный центр при Росстрое» документы, содержащие ложные сведения о квалификации руководителей и специалистов компании, на основании чего были получены лицензии на строительство зданий и сооружений I и II уровней ответственности. Так же следствие считает, что он от незаконной предпринимательской деятельности Михеев получил доход в размере около 13 млн. руб.
В ходе расследования в обеспечение заявленных потерпевшими гражданских исков был наложен арест на его автомобиль, а также на принадлежащие ему доли в уставных капиталах четырех предприятий. А в июле 2009 г. по ходатайству следствия Михееву была избрана мера пресечения в виде заключения под стражу.
В настоящее время материалы уголовного дела направлены в Центральный районный суд.