Проректор вместе с начальником управления экономического развития университета Татьяной Филимоновой обвинялись в махинациях с бюджетными средствами, в результате которых было похищено свыше 3,3 млн. рублей.
В феврале 2010 года приговором Центрального суда Филимонова осуждена за совершение данного преступления к 5 годам лишения свободы. В отношении Ширяева в связи с болезнью уголовное дело было выделено в отдельное производство.
Суд признал Ширяева виновным и назначил ему наказание в виде 2 лет 6 месяцев лишения свободы в исправительной колонии общего режима.