Обвинение инкриминировало превышение полномочий и халатность. Следствие считало, что в период с сентября 2005 года по ноябрь 2006 года Шишкин, превышая должностные полномочия, незаконно подписал ряд документов, по которым 13 объектов недвижимости в Омске и являющихся госсобственностью, перешли в собственность ООО «ЮжУралСнаб», чем России причинен ущерб в размере свыше 64 млн. рублей. Кроме этого, в 2007 году и в феврале 2008 года Шишкин, превышая свои полномочия, без согласия федеральных органов подписал ряд документов, по которым земельные участки, являющиеся собственностью государства и находящиеся в бессрочном пользовании ФГУП ПО «Полет», общей площадью около 27 гектаров, незаконно перешли в собственность ЗАО «Омскстрой» и ООО «Глобус». В результате его действий России был причинен ущерб в размере 29 млн. 942 тыс. рублей. Наконец, в период с 2005 года по 2009 год Шишкин ненадлежащим образом осуществлял управление государственным имуществом, а именно нежилыми помещениями, расположенными на улице Волочаевская в Омске, в результате чего в доход государства не поступила арендная плата за использование этой федеральной собственности в 79 млн. 393 тыс. рублей.
В итоге судья Наталья Груманцева признала доказанным ущерб, причиненный государству, но не нашла в действиях Шишкина халатности.