Овчинникова уволили из-за уголовного дела, которое против него возбуждено, уже несколько лет идет расследование. Агентство посчитало, что политические разборки федеральному государственному учреждению, ни к чему, сообщили порталу «СуперОмск» в учреждении. Обязанности руководителя возложены на первого зама Овчинникова – Сергея Сажина. Сам Овчинников рассказал, что «суд постановил меня отстранить, вот и агентство сначала отстранило меня, а потом и контракт расторгло».
Его обвиняют в том, что с декабря 2006 года по май 2007 года он приобрел у ОАО «Омский речной порт» по заведомо завышенной стоимости три самоходных буксирных суда и четыре несамоходных буксирных суда, злоупотребляя должностными полномочиями и растратив вверенное ему имущество на сумму более 4 миллионов 650 тысяч рублей. У него также испортились отношения с Леонидом Полежаевым, который публично критиковал его за совмещение бизнеса и работы на госслужбе.