Она умерла от онкологического заболевания. Как считают близкие покойной Москаленко, развитие болезни и скоропостижная смерть могли стать следствием возбужденных против нее уголовных дел и проведения следственных действий. В 2008 году через гражданский суд с нее взыскала порядка 9 млн рублей супруга замначальника омской Академии МВД Василия Векленко, с которым, как утверждала Елена Москаленко, у нее ранее были дружеские отношения. Впоследствии аналогичные требования к предпринимателю предъявили еще 5 потерпевших, что завершилось возбуждением нескольких уголовных дел против нее сотрудниками УВД по Омской области. Сама Москаленко утверждала, что денег не занимала, подписывала документы о передаче денег, поскольку прикрывала незаконный бизнес Василия Векленко и ряда других высокопоставленных сотрудников МВД.
Со смертью Елены Москаленко следствие по уголовным делам не остановлено.